המהפכנות ההלכתית, המחשבתית וההיסטורית של הרב אלקלעי ניכרת במיוחד בפירושו לפרשת התשובה שבתורה (דברים ל), ובהגדרותיו למושג התשובה בהלכה ובהיסטוריה.